化石生物相-脊椎動物化石
哺乳類
哺乳動物具有乳腺與哺乳的特徵，但死後較少留下成為證據，而牙齒或骨骼較有機會被保留下來形成化石。哺乳動物的牙齒結構由「同型齒」演化為「異型齒」，也就是說，由相同的齒型，演化為不同齒型，如門齒、犬齒、前臼齒與臼齒4種類，各司不同咀嚼功能，從牙齒的特徵，可以判斷出是否為食肉、食草與雜食性動物，也有機會鑑定出動物的種類。
從臼齒來看，大象的臼齒由許多齒板組合，齒板磨面依象的種類而有不同形狀與高低齒冠。肉食性動物如老虎，從齒側看上下臼齒，有如鍘刀的組合，具有切裂功能。草食性動物相當依賴臼齒來咀嚼食物，因此演化成齒冠較長的「高冠齒型」，能增加牙齒研磨的使用年限及延長動物壽命。從臼齒的咀嚼面還可區分出3種齒型：
（一）丘齒型：主要為雜食性動物、低齒冠，如人、猴或豬。
（二）脊齒型：主要為草食性動物，如犀牛、馬和老鼠。
（三）月齒型：主要為草食性動物、高齒冠，如牛、羊和鹿。
出土的哺乳類化石如下：
長鼻目（Proboscidea）
大象是現今地球上最大的陸生哺乳動物，象的祖先源於5千5百萬年前在北非的始祖象。臺南左鎮崎頂層出土的長鼻目動物化石，館藏已鑑定的有：
古菱齒象（Palaeoloxodon sp.）、淮河古菱齒象（Palaeoloxodon huaihoensis）、草原猛瑪象（Mammuthus protomammonteus）、曙光劍齒象（Stegodon aurorae）、三重象（Stegodon miensis）。
另外，國內被報導過的有：過嶺二重溪層的中國劍齒象（Stegodon siensis）、明石劍齒象（Stegodon akashiensis）、東方劍齒象（Stegodon orientalis）、類象劍齒象臺灣亞種（Stegodon elephantoides taiwanicus）、臺灣猛獁象（Mammuthus armeniacus taiwanicus）。
象牙由門齒發展而來，而大象的臼齒採「水平交換」的特殊生長方式，由在牙床內一顆接著一顆，像輸送帶一樣，從後邊斜著往前推進成長，把前面的牙齒擠掉，並取代位置。大象一生中每一側每一邊各有6顆牙齒（3顆前臼齒、3顆臼齒）供輪替使用，總共計24顆頰齒。
靈長目（Primates）
靈長類是哺乳類動物中最受矚目的動物，左鎮人的化石，代表的意義已超過化石的價值，而是更具有人類歷史的意義。靈長類化石最早出現於5千5百萬年前，臺南發現的獼猴化石，顯示台灣獼猴的祖先距今約40萬年前便來到左鎮，比左鎮人出現的年代還晚，是最早的先住民。靈長類出土的化石中，到底有幾種猴類?目前已有學者著手進行研究。
齧齒目（Rodentia）
新化丘陵區出土的齧齒動物化石，目前已知的有河狸、豪豬與鼠類。鼠類為褐鼠（Rattus norvegicus）、玄鼠（Rattus rattus）、刺鼠（Niviventer coxingi）與鬼鼠（Bandicota indica）四種，出土的二重溪層則顯示當時沉積的環境為低海拔區的森林、草地或河邊，應為動物死亡後在短時間內被溪流搬運至海岸淺海區沉積。
現生齧齒動物的數量約占哺乳動物的四成，雖位居哺乳類之冠，但由於鼠類的體積小、動作迅速，多能避開天然災難，因此不容易被埋葬而形成化石。鼠類的齒式為1003/1003，只有門齒和臼齒，兩者之間缺乏犬齒與臼齒，形成很大的空隙稱為「齒間隙」。鼠的門牙大多沒有齒根，會不停的生長，當門牙過度生長時便會刺破牠的上下顎，造成生命危險，因此有磨牙的習性。
食肉目（Carnivora）
臺南出土的食肉目動物化石，有熊、華南虎（Panthera tigris cf.tigris）與白鼻心等種類。臺南市與高雄市交界附近的月世界，亦有熊齒化石的出土，學者初判為台灣黑熊（Ursus thibetanus）。館藏的虎化石主要為齒與骨頭部分，虎為肉食性動物，犬齒發達，作為與敵人戰鬥用途，而上顎小臼齒最後一顆和下臼齒的第一顆，發展成為鍘刀的組合，被稱作「食肉齒」或「切裂齒」，具有切割的功用。
在菜寮化石館後的龍溝，亦出土過同屬食肉目靈貓科白鼻心的犬齒與臼齒化石，經與現生的比對，初判與現生種同種。
奇蹄目（Perissodactyla）犀科
臺南左鎮出土的犀牛化石，至今仍為臺灣最完整的標本。臺灣北、中、南所出土的犀牛化石，目前都可能為早坂中國犀（Rhinoceros sinensis hayasakai），早坂中國犀生活在氣候炎熱的雜林相環境中，與現生的印度犀牛為近親，體型比華南的中國犀略小。早坂中國犀和一般犀牛的特徵一樣，臼齒呈方形，具有中溝和後孔，十分容易辨識。犀牛角全部由角質構成，與頭髮和指甲有相同的材料，在地層中容易腐爛而不容易形成化石。
偶蹄目（Artiodactyla）牛科、鹿科、豬科
臺南左鎮出土的水牛角化石已被鑑定的有德氏水牛（Bubalus teihardi）與楊氏水牛兩種，因為水牛角的形狀會依性別與年齡而產生變異，研判為同種異名的可能。水牛化石的出土，證明臺灣曾有野生牛的存在，可以推測當時為草原和沼澤的生存環境。現生種的臺灣黃牛與中國的黃牛同源，在早期即有飼養的記載，但起源缺乏文獻可考。臺灣水牛為沼澤型水牛，1624年後由荷蘭人從爪哇引進，現存水牛多引進自中國。
鹿科動物為偶蹄類，鹿的角、牙甚至骨骼都容易形成化石。臺南出土的鹿化石中，已知的有羌、花鹿、水鹿與四不像鹿。臺南出土的豬化石中，已知的有菜寮溪侯氏豬（Sus houi），以收藏家侯立仁命名。
牛與鹿皆缺乏上門齒與犬齒，當牠們進食時會用舌頭將食物捲起，送到上顎的嘴唇與下顎門齒之間，再將食物切斷。
鯨目（Cetacea）
目前臺南出土的鯨目化石，已知的有鬚鯨類與齒鯨類。依遺傳學分子分析的新證據，將鯨目和偶蹄目合併為鯨偶蹄目（Cetartiodactyla），顯示鯨魚是從偶蹄目中演化而來，或與偶蹄目是近親。鯨豚類的牙齒，和一般魚類相同，擁有圓錐型的同型齒。
爬蟲類
臺南出土的爬蟲類動物化石，種類包括鱷目的古鱷化石與龜鱉目的龜鱉化石。
臺南左鎮菜寮溪三重溪的河床露頭所發現的「臺灣古鱷」，具有較長的嘴吻，擁有圓錐型的同型齒，生物分類為長吻鱷科，現多稱為「臺灣長吻鱷」（Tomistoma taiwanicus），長吻鱷科目前世界尚存恆河鱷和馬來鱷，臺灣長吻鱷化石是臺灣本島鱷魚存在過的證據。
龜鱉類具有堅硬的外殼，容易形成化石，龜化石屬於淡水性的沼澤龜，鱉化石的腹甲具有細密而不規則的點刻特徵，容易辨識，和鱷魚的鱗骨板相較下，鱷魚的鱗骨板上的的點刻較為大且有規律，兩者容易區分。
魚類
新化丘陵出土的魚類化石十分豐富，計有朱鯧魚、鮫、魟魚、二齒豚、白帶魚與皮刀魚等，以牙齒的化石占多數，其中菜寮溪出土的朱鯧魚化石，在虎啣口的鈣質黃色砂岩中出土，為兩條相連的朱鯧魚化石，為臺灣首次發現，最受到重視。
最後異動時間：2019-06-02 00:21:59
